PGR testai gali būti klaidingai teigiami

COVID-19 nustatymas PGR tyrimo metodu: testai gali būti klaidingai teigiami

Apie koronavirusą sklindanti informacija nuolat kinta, o drauge ir požiūris į testavimą ar faktą, kada žmogus dar gali apkrėsti kitus asmenis.

Lietuvoje, kaip ir kitose pasaulio šalyse, nuolat atsiranda vis naujų faktų apie COVID-19 virusą. Kalbama apie jo mutavimą,^[1] vis skirtingas užsikrėtimo galimybes, simptomus (ar jų nebuvimą išvis), o dabar netgi skambinama pavojaus varpais dėl koronaviruso radimo ant gyvūnų^[2] ar prekių pakuočių.^[3] Vienas iš tokios kintančios informacijos aspektų – ir klausimas, kaip kuo tiksliau nustatyti sergančiuosius koronavirusu ir kaip žinoti kiek ilgai COVID-19 sergantis asmuo gali apkrėsti kitus.

Seniau buvo kalbėta, jog pasitaiko atvejų, kai žmogus gali apkrėsti kitus net ir po daugiau nei mėnesio. Tuomet buvo reikalaujama po pirmojo teigiamo PGR testo, net ir praėjus porai savaičių, ir vėl darytis kitą koronaviruso nustatymo testą, o asmuo būdavo laikomas nebesergančiu ir negalinčiu perduoti viruso kitiems tik tada, kai du iš eilės PGR tyrimai būdavo neigiami ar praeidavo kelios savaitės.

Vėliau tokia koncepcija kito. Dabar, bent jau Lietuvoje, daugumai žmonių po 14 dienų (kitais atvejais ir po 10 dienų) saviizoliacija baigiasi ir nebedaromas antras koronaviruso testas, nes jis laikomas pasveikusiu bei negalinčiu užkrėsti kitų.^[4] Tokius pokyčius lėmė žinios, jog COVID-19 testas gali būti teigiamas, nors asmuo jau neužkrėtinėja aplinkinių. Visgi, nors pripažįstama, kad PGR testai būna klaidingai teigiami, valstybių vadovai neskuba kalbėti apie COVID-19 testavimo patikimumą, kuris kinta priklausomai nuo to, kiek ciklų (Ct) yra padaroma tiriant gautą mėginį.

Kviečiame atidžiau susipažinti su PGR metodo istorija, jo išradėjo mintimis bei perspėjimais ir faktais apie PGR testus. Nors šie testai dabar plačiai naudojami nustatinėjant koronavirusą, tačiau kai kurie faktai rodo, jog jų patikimumu visgi verta abejoti.

PGR metodo išradėjas Kary B. Mullis kritikavo PGR testų naudojimą virusų aptikimui

Kary B. Mullis (1944-2019) išrado PGR metodą, už kurį gavo Nobelio prizą, tačiau net ir jis skeptiškai žvelgė į PGR testus virusų nustatymui. (The New York Times nuotrauka)

Kary B. Mullis^[5] buvo amerikiečių biochemikas, kuris išrado polimerazės grandininės reakcijos (PGR) metodą ir 1993 metais pasidalino Nobelio premiją drauge su kitu chemiku.^[6] Tais pačiais metais jis taip pat gavo Japonijos prizą. PGR metodas buvo laikomas itin svarbiu išradimu, kuris tapo pagrindine technika biochemijos ir molekulinės biologijos srityse.

Kuo toks svarbus PGR metodas? DNR molekulėse yra saugomas organizmo genomas, tačiau tam, jog būtų įmanoma analizuoti tokią genetinę informaciją reikia gana daug DNR. PGR metodas šią problemą pašalino, nes polimerazės grandininės reakcijos (PGR) metu per trumpą laiką įmanoma nukopijuoti didelį kiekį DNR, paėmus tik nedidelę DNR dalį. Pasitelkiant šilumą, įmanoma atskirti dvi DNR molekulės grandines ir pridėtas DNR statybines medžiagas sujungti su kiekviena grandine. Dėl fermento DNR polimerazės yra sudaromos naujos DNR grandinės ir tokį procesą galima pakartoti milijonus ar dar daugiau kartų.

Visgi, nepaisant to, koks šis išradimas buvo naudingas mokslui, pats jo išradėjas ne sykį kartojo, jog jo manymu PGR testai nėra patikimi aptikti virusams. Deja, tačiau Kary B. Mullis mirė 2019 metų rugpjūtį, dar prieš prasidedant pasaulinei koronaviruso pandemijai, todėl jau nebegali paprieštarauti tokiam plačiai paplitusiam PGR testų naudojimui nustatant COVID-19. Visgi per savo gyvenimą jis daug kartų aiškino, jog PGR testais neverta pasikliauti norint aptikti virusus, nes PGR testai buvo ir tebėra naudojami kaip DNR sekas milijonus ar milijardus kartų galinti pakartoti gamybos technika. Jo nuomone PGR testai nėra skirti virusų nustatymui ir neturėtų būti laikoma patikima diagnostine priemone.

Tiesa, kai žmonės pradėjo dalintis senomis mokslininko citatomis, faktų tikrintojai iš karto suskubo paneigti K. B. Mullis mintis.^[7] Jie bandė parodyti, kad biochemiko minčių negalima pritaikyti dabartinei situacijai, nes kalbėdamas apie virusų nustatymą jis pasakojo apie ŽIV ir AIDS. Tai iš esmės yra gan svarbus faktas, tačiau natūralu, kad anapilin išėjęs mokslininkas jau nebegalėjo pakomentuoti COVID-19 situacijos, nes paprasčiausiai nespėjo sulaukti šio viruso išsikerojimo po visą pasaulį. Kary B. Mullis išrasto PGR metodo specifika ir kodėl PGR testais vargu ar galima tinkamai nustatyti virusus buvo paaiškinta dar 1996 metais:^[8]

Ką daro PGR, tai pasirenka genetinę seką ir tada ją nepaprastai padaugina. Tai gali atitikti adatos radimą šieno kupetoje; [PGR] gali tą adatą išdidinti į šieno kupetą. Kaip ir elektroniniu būdu sustiprinta antena, PGR labai sustiprina signalą, tačiau taip pat smarkiai padidina triukšmą. Kadangi amplifikacija yra eksponentinė, menkiausia matavimo paklaida, mažiausias užteršimas gali sukelti daugybę klaidų.

Pavyzdys: naudoti viruso apkrovos testus viruso aktyvumui įvertinti būtų lyg surasti kelis nukirptus nagus; padauginti nukirptus nagus į nedidelį nukirptų nagų kalną, sumaišytą su kitu šlamštu; tada pasikviesti „ekspertą“, kuris ateina ir interpretuoja krūvą, kaip visiškai ginkluotų ir pasirengusių mūšiui karių būrį.

Kitaip tariant, PGR testai virusų nustatymui tiesiog gali būti pernelyg netikslūs siekiant rasti aktyvius virusus ir per daug iškreipti rezultatus. Kuo labiau paimtas mėginys dauginamas, tuo smarkiau didėja tikimybė, jog bus gauti realybės neatitinkantys duomenys viruso atžvilgiu. Žinoma, nuo praėjusio amžiaus technologija galėjo pagerėti, o Kary B. Mullis mirė prieš pasirodant COVID-19, todėl remiantis vien jo mintimis nederėtų priimti griežtų išvadų ir verta atidžiau panagrinėti dabartinę situaciją.

Kuo jautresnis testas – tuo didėja klaidingai teigiamų rezultatų tikimybė

Nors PGR testai COVID-19 nustatymui naudojami visame pasaulyje, tačiau mokslininkai neslepia, jog jų patikimumas nėra šimtaprocentinis. Pavyzdžiui, JAV Maisto ir vaistų administracija (FDA), nors ir rašo, jog testai yra ganėtinai tikslūs (tiesa, nenurodo nei aiškių procentų, nei tai įrodančių šaltinių), tačiau taip pat pripažįsta:^[9]

Nė vienas testas nėra 100% tikslus, o bandymo rezultatai gali skirtis, atsižvelgiant į ligos paplitimą tiriamoje populiacijoje. COVID-19 diagnostiniai testai gali būti ne tokie tikslūs populiacijose, kuriose liga yra mažai paplitusi, ir besimptomiams, mažai virusą išskiriantiems asmenims arba ankstyvo ar vėlyvo ligos etapo metu. <…> Labai jautrus testas paprastai turi mažą klaidingai neigiamą dažnį, tačiau rizikuoja būti klaidingai teigiamas, jei testo specifiškumas yra žemas.

Apie PGR testus nemažai informacijos yra pateikęs Oksfordo universiteto Pirminės sveikatos mokslų srities Nuffieldo skyriuje įsikūręs Įrodymais pagrįstos medicinos centras (ang. Centre for Evidence-Based Medicine). Remiantis šio centro specialistais:^[10]

PGR virusų nustatymas yra naudingas tol, kol galima suprasti jo tikslumą: jis suteikia galimybę RNR aptikti nedideliais kiekiais, tačiau gali būti neaišku, ar ši RNR yra užkrečiamas virusas.

Reikia suprasti, jog PGR testai nėra beverčiai. Jie gali rasti virusą, tačiau ar gavus teigiamą atsakymą tas rastas virusas yra aktyvus – jau kitas klausimas. Kaip rašoma Įrodymais pagrįstos medicinos centro puslapyje, „vien PGR negali atsakyti į šį klausimą“. Net jei pasitelkiant PGR testą nustatomas virusas, išlieka tikimybė, jog teigiamas rezultatas buvo gautas aptikus ląstelių užkrėsti nebegalintį ir nebesidauginantį virusą. Kitaip tariant, tokiu atveju virusą savyje turintis žmogus jau nieko neužkrės:

TIKRAI TEIGIAMAS PGR ne visada reiškia, kad asmuo kelia kokį nors pavojų visuomenei. Virusas negali būti perduodamas, kai ląstelių kultūra rodo, kad virusas nėra infekcinis. Deja, susieti PGR TEIGIAMĄ su užkrečiamumu nėra lengva, jei atsižvelgsime į visą populiaciją. Tam reikėtų 1) modelio (koreliacijos), pagal kurį PGR TEIGIAMI ir (arba) simptomai būtų susieti su infekciškumu, patikrintu viruso kultūros, arba 2) virusinės kultūros kiekvienu konkrečiu atveju.

Net ir PGR testų kūrėjai savo testų informaciniuose lapeliuose perspėja apie šių testų naudojimo esmę. Pavyzdžiui:^[11]

Šis produktas skirtas nustatyti 2019 naująjį koronavirusą (2019-nCoV). Šio produkto aptikimo rezultatas yra tik klinikinė nuoroda, todėl jo negalima naudoti kaip vienintelio klinikinės diagnozės ir gydymo įrodymo.

Taigi, iš esmės PGR testus galima naudoti viruso aptikimui organizme, tačiau teigiamai įvertinti atvejai turėtų būti papildomai tiriami, kad būtų išsiaiškinta, ar tokie asmenys tikrai gali kažką užkrėsti. Deja, tačiau dabar vyraujanti praktika apima tik platų populiacijos tyrimą pasitelkiant PGR testus, o apie išsamesnius duomenis dažniausiai nekalbama.

Neturint aukso standarto sunku įvertinti tikrąjį testų tikslumą

Nėra nustatyto auksinio standarto, pagal kurį būtų galima patikrinti COVID-19 testų patikimumą.

Gina Kolata, žinoma ilgametė „The New York Times“ mokslo temų žurnalistė, knygų autorė, dar 2007 metais rašė apie tai, kaip įsivaizduojamų virusų pandemijų paskelbimas remiantis vien PGR testais gali baigtis tikrų tikriausia katastrofa.^[12] Jos publikacija pavadinta labai aiškiai – „Tikėjimas greitaisiais testais veda į epidemiją, kurios nėra“. Žinoma, gali būti sunku pasitikėti tik vienos medicinį išsilavinimą turinčios žurnalistės žodžiais, tačiau ji tikrai ne vienintelė, kuri kvestionavo PGR testų patikimumą aktyvių virusų nustatymui.

Australijos užkrečiamųjų ligų specialistas Sanjaya Senanayake buvo kalbinamas ABC TV televizijoje.^[13] Žurnalistas jo paklausė: „Kiek tikslus yra [COVID-19] testas?“. Tuomet ekspertas atsakė:

Jei mes turėtumėme naują testą auksinio stafilokoko [bakterijos] kraujyje nustatymui, tai mes bent jau turime kraujo kultūras, ir tai yra mūsų aukso standartas, kurį naudojame dešimtmečius ir galėtume šį naują testą palyginti su senu. Tačiau mes neturime aukso standarto COVID-19 testavimui.

Todėl vietoj to, jog galėtų tvirtai atsakyti apie PGR testus, užkrečiamųjų ligų specialistas tik nedrąsiai spėliojo, jog galbūt šie testai siekia 70 proc. tikslumą. Tai – tik spėjimas, nes kaip ir išsireiškė pats Sanjaya Senanayake, COVID-19 nustatymui nėra jokio aukso standarto, kuris reikalingas, norint nustatyti testavimo tikslumą. Aukso standartas^[14] medicinoje yra geriausias diagnozės testas arba etalonas, kuris prieinamas tinkamomis sąlygomis. Kitais atvejais jis yra pats tiksliausias įmanomas testas be apribojimų.

Bristolio universitete dirbanti dr. Jessica C. Watson taip pat perspėjo, jog „COVID-19 testams trūksta aiškaus aukso standarto“. Jos straipsnis „COVID-19 testo rezultato interpretavimas“^[15] buvo publikuotas puikiai žinomame medicinos žurnale „The British Medical Journal“. Visgi, ji į PGR testus COVID-19 nustatymui žiūri gan keistu kampu. Vietoj to, jog kvestionuotų PGR testų tikslumą aktyvaus viruso aptikimui, autorė tiesiog rašo, jog pati COVID-19 diagnozė, įskaitant ir PGR testavimą, „gali būti geriausias turimas aukso standartas“. Kažkodėl J. C. Watson tarytum visiškai užmiršo, jog aukso standartu turėtų būti laikomas viruso izoliavimas, t. y. neabejotinas viruso įrodymas, jį gausinant virusams jautriose ląstelių kultūrose.

Pastebėta, jog PGR testų rezultatai gali nuolat kisti

Specialistai pastebėjo, jog COVID-19 nustatymui naudojami PGR testai gali rodyti skirtingus rezultatus tam pačiam žmogui net ir tiriant jį kas kelias dienas, t. y. iš teigiamo virsti į neigiamą, o po to ir vėl į teigiamą.

Turėtų būti aiškiai suprantama, jog negalima žinoti klaidingai teigiamų PGR testų rezultatų skaičiaus be gausaus ištirtų žmonių kiekio, kurie tikrai neserga koronavirusu, o tai įrodoma tik pasitelkiant su testu nesusijusį metodą. Būtent todėl yra paviešintas ne vienas straipsnis, parodantis, jog kai kuriais atvejais gali būti gaunami gluminantys bandymų rezultatai.

Kaip jau minėjome, ne šiaip sau ilgainiui buvo nuspręsta, jog susirgusių COVID-19 neverta po kelių savaičių ir vėl tirti. PGR testai net ir po kelių savaičių ne vienu atveju ir toliau būdavo teigiami. Tiesa, tokie faktai turėtų kelti klausimų ir dėl PGR testų patikimumo apskritai. Pavyzdžiui, dar vasario mėnesį Kinijos Guangdongo sveikatos tarnyba informavo,^[16] jog nors ir žmonės visiškai pasveiko nuo su COVID-19 virusu siejamų ligų, testai vis tiek rodė tai neigiamą, tai teigiamą rezultatus.

Kovo mėnesio pradžioje pasirodė publikacija^[17] apie tyrimą Singapūre. 18 pacientų PGR testai buvo atliekami kasdien, tačiau testų rezultatai ne kartą keitėsi ir virsdavo iš teigiamo į neigiamą, o po to ir vėl į teigiamą. Vienam pacientui rezultatai keitėsi net 5 sykius.

Kovo mėnesio pabaigoje leidinyje „Journal of Medical Virology“ buvo paskelbti panašūs PGR testų netikslumą įrodantys faktai. Žurnale buvo rašoma,^[18] jog 29 iš 610 Uhano ligoninės pacientams buvo atlikti po 3-6 testai ir jų rezultatai kaitaliojosi tarp „neigiamas“, „teigiamas“ ir „abejotinas“.

Dr. Sin Hang Lee, mikrobiologas, dirbantis Milfordo molekulinės diagnostikos laboratorijoje, kovo mėnesio pabaigoje nusiuntė laišką^[19] PSO Atsako į koronavirusą grupei, PSO Regioniniam Amerikos biurui ir Anthony S. Fauci, sakydamas, jog:

Visuomeninė žiniasklaida daug kartų pranešė, kad RT-qPGR [Reversinės Transkripcijos kiekybiniai PGR (ang. Reverse Transcriptase quantative PCR)] testų rinkiniai, naudojami SARS-CoV-2 RNR aptikti žmonių mėginiuose, generuoja daugybę klaidingai teigiamų rezultatų ir nėra pakankamai jautrūs, jog nustatytų kai kuriuos realius teigiamus atvejus, ypač sveikimo metu.

Verta paminėti ir tai, jog net ir CDC bei FDA savo dokumentuose buvo pripažinę, kad SARS-CoV-2 RT-PGR testai galimai nėra tinkami SARS-CoV-2 diagnozei nustatyti. Pavyzdžiui, 2020 metų kovo 30 dienos dokumente pavadinimu „CDC 2019-Naujo Koronaviruso (2019-nCoV) realaus laiko RT-PGR diagnostikos skyrelis“ rašoma:^[20]

Virusinės RNR radimas neįrodo, kad virusas užkrečiamas arba, kad 2019-nCoV yra klinikinių simptomų sukėlėjas.

Šis testas neišskiria ligų, kurias sukėlė kiti bakteriniai ar virusiniai patogenai.

Taip pat gruodžio mėnesį buvo rašoma,^[21] jog FDA pripažįsta, kad:

Teigiami rezultatai <…> neišskiria bakterinės ar kitų virusų infekcijų. Aptikta medžiaga gali būti ne tikroji ligos priežastis.

Negana to, RT-qPGR testų, kurie turėtų būti skirti aptikti SARS-CoV-2, produktų aprašymuose^[22] teigiama, kad jie yra „kokybiniai“ testai (ang. qualitative), o tai prieštarauja tam aiškinimui, jog raidė „q“ testų pavadinime (ang. qPCR) reiškia „kiekybiniai“ testai (ang. quantitative). Tai itin svarbus faktas, nes jeigu šie testai nėra kiekybiniai, tuomet iš tiesų jie neparodo kiek organizme yra viruso dalelių.

Specialistai perspėja dėl rezultatų iškreipimo dauginant mėginį pernelyg daug kartų

Ciklų kiekis atskleidžia kiek galima pasitikėti PRG testų rezultatais.

Visgi šie aukščiau paminėti faktai nėra vieninteliai, kodėl PGR testų patikimumu verta suabejoti. Daugelio PGR testų ciklo kiekybinio įvertinimo (Ck) vertė viršija 35, o kai kurių (pvz., Drosteno PGR testo) netgi siekia 45. Ką reiškia Ck vertė? Ji parodo, kiek reikia DNR pakartojimo ciklų, norint iš biologinių mėginių gauti realų rezultatą.

MIQE (minimali, paskelbimui skirta informacija apie kiekybinius realaus laiko PGR eksperimentus) yra nurodymų rinkinys, kuriame aprašyta minimali informacija, reikalinga vertinant realaus laiko PGR (arba kitaip tariant kiekybinių PGR (ang. qPCR)) eksperimentus aprašančias publikacijas. MIQE nurodymuose^[23] teigiama:

Aukštesnės nei 40 Ck vertės yra įtartinos dėl numanomo mažo efektyvumo ir apie tokias apskritai neturėtų būti pranešama.

MIQE nurodymai yra pakankamai rimta informacija, kuria galima pasitikėti, kadangi ji buvo parengta prižiūrint Stephen A. Bustin^[24] – visame pasaulyje puikiai žinomam kiekybinio PGR ekspertui, molekulinės medicinos profesoriui. Jis parašė „Kiekybinio PGR abėcėlę“, kuri specialistų vadinama tikrų tikriausia kiekybinio PGR biblija.

PGR metodo išradėjas Kary Mullis taip pat pilnai pritarė faktui, jog didelis ciklų kiekis rodo, kad negalima pasikliauti gautais rezultatais. Jis aiškino:^[25]

Jei jums reikia atlikti daugiau nei 40 ciklų, kad padidintumėte vieno egzemplioriaus geną, tuomet su jūsų PGR yra tikrai kažkas negerai.

Be to, vieno interviu metu profesorius S. A. Bustin pabrėžė:^[26]

tokių savavališkų Ck ribų naudojimas nėra idealus, nes jos gali būti arba per mažos (panaikinant galiojančius rezultatus), arba per didelės (padidinant klaidingai teigiamus rezultatus).

Kaip teigia šis specialistas, normaliu atveju Ck vertė turėtų būti tarp 20-30. Jei vertė yra aukštesnė nei 35, tuomet tai turėtų kelti nerimą dėl tyrimo rezultatų patikimumo. Esant per aukštai Ck vertei tampa sunku atskirti foną nuo tikro signalo ir smarkiai padidėja tikimybė, jog bus gaunamas klaidingai teigiamas rezultatas. Stephen A. Bustin pabrėžė, jog konversijos proceso metu (iš RNA į cDNA), DNR kiekis, kuris buvo gautas naudojant tą pačią RNR bazinę medžiagą, gali labai skirtis – net ir 10 kartų. Taigi, atsižvelgiant į faktą, jog kiekviename cikle DNR sekos padvigubėja, net ir nedideli pokyčiai tampa itin reikšmingi ir gali iškreipti rezultatus, sunaikinant patikimą tokio testo informacinę vertę.

Mokslininkai ginčijasi kiek ciklų pakanka nustatinėjant koronavirusą

Mokslininkai vis dar aktyviai aiškinasi kaip tiksliai nustatyti kada koronavirusu sergantis žmogus vis dar gali užkrėsti kitus ir laikomas sergančiu.

Stephen A. Bustin nėra vienintelis, kuris kalba apie ciklų (Ct) kiekio svarbą ir rezultatų iškraipymą, naudojant per dideles Ct vertes. Moksliniame žurnale „Clinical Infectious Diseases“ neseniai pasirodė informacija^[27] apie koronavirusu susirgusių žmonių galimybės apkrėsti kitus apskaičiavimą ir PGR testų tikslumą, siekiant nustatyti koronavirusą. Publikacijos autoriai – mokslininkai iš Prancūzijos ir Vietnamo.

Savo teksto pradžioje jie priminė, jog Pasaulio sveikatos organizacija (PSO) paskelbė koronaviruso pandemiją 2020 metų kovo 12 dieną.^[28] Tyrėjai rašė, jog pati didžiausia problema su šio viruso protrūkiu buvo aktyvaus užkrėtimo laiko apskaičiavimas, remiantis PGR testais. Juk nežinant kiek dienų virusas perduodamas iš vieno žmogaus kitam asmeniui ir kokia Ct (ciklo slenksčio) vertė turėtų būti laikoma ribine, sunku suprasti kada galima išrašyti pacientus iš specialių jiems skirtų palatų ar kiek dienų nuo teigiamo koronaviruso testo jie turi saviizoliuotis. Be to, imamos skirtingos Ct vertės gali smarkiai iškreipti tyrimų rezultatus, nes kuo daugiau ciklų atliekama, tuo didėja klaidingai teigiamo atsakymo tikimybė.

Kaip rašo Rita Jaafar, Sarah Aherfi ir kiti jų kolegos, keliose paskutinėse publikacijose buvo siūloma nustatyti, kad COVID-19 sergantis žmogus nebegali užkrėsti kitų, kai PGR testo ciklų yra >30 ir praėjo mažiausiai 10 dienų. Autoriai teigia:

Tačiau straipsnyje, paskelbtame „Clinical Infectious Diseases“, Bullard ir kiti pranešė, kad pacientai negalėjo užkrėsti [kitų] prie Ct > 25, nes virusas neaptinkamas kultūroje, viršijančioje šią vertę. Ši riba tuomet buvo priminta Prancūzijos žiniasklaidoje, interviu su Prancūzijos mokslo tarybos Covid-19 nariu, kaip galima vertė, kurią viršijus pacientai nebėra užkrečiami.

Taigi, buvo pasiūlyta remtis dar mažesne verte nei prieš tai ir ji būtų atitikusi Stephen A. Bustin pastebėjimus, jog PGR testai turėtų neviršyti 20-30 ciklų. Tokie pokyčiai būtų reiškę, kad daugybė seniau teigiamų koronaviruso testavimo atsakymų sulaukę asmenys galimai buvo suklaidinti, nes pagal naujausius skaičiavimus negalėjo nieko užkrėsti ir tiesiog nešiojo virusą savyje.

Lietuvoje atliekami 40-45 ciklai, nors tai gali itin smarkiai iškreipti PGR testų rezultatus

Gali būti, jog daugybė žmonių užsidaro namuose ir mano, jog gali apkrėsti kitus koronavirusu, nors iš tiesų į aplinką neperduoda užkrato.

Tinkamas koronaviruso ir jo užkrečiamumo nustatymas yra itin svarbu, nes jei paklaida būtų itin didelė, tuomet saviizoliacijoje be jokio reikalo atsidurtų daugybė žmonių. Dėl tos pačios priežasties išsikreiptų ir kasdien nustatomų susirgimų skaičiai. Aukščiau minėti tyrėjai toliau rašo:

Protrūkio pradžioje mes siejome tarpusavyje Ct vertes, gautas naudojant mūsų PGR metodą, remiantis E geno amplifikacija ir kultūros rezultatais. Nuo pandemijos pradžios mes atlikome 250 566 SARS-CoV-2 AT-PGR [testus] 179 151 pacientui, iš kurių 13 161 (7,3%) testas buvo teigiamas. Iki gegužės pabaigos 3790 iš šių mėginių, kurie buvo teigiami nosiaryklės mėginiuose, buvo pasėti ir valdomi kultūrai, kaip buvo aprašyta anksčiau. Iš šių 3790 užkrėstų mėginių 1941 SARS-CoV-2 izoliatas galėjo būti gautas po pirmojo užkrėtimo arba iki 2 aklųjų subkultūrų. Koreliacija tarp skaitytuvo reikšmių ir kultūrų pozityvumo leidžia mums pastebėti, kad vaizdas, gautas naudojant 10 kartų daugiau izoliatų nei mūsų parengiamajame darbe (1941 ir 129), reikšmingai nesikeičia <…>. Galima pastebėti, kad esant Ct = 25, iki 70% pacientų išlieka teigiami kultūroje ir kad esant Ct = 30 ši vertė nukrenta iki 20%. Kai Ct = 35, vertė, kurią naudojome teigiamam PGR rezultatui pranešti, <3% kultūrų yra teigiamos. Mūsų Ct vertė 35, iš pradžių pagrįsta rezultatais, gautais atlikus AT-PGR, naudojant kontrolinius neigiamus mėginius mūsų laboratorijoje, ir pradiniais kultūrų rezultatais, patvirtinta čia pateiktais rezultatais ir yra susijusi su tuo, kas buvo pasiūlyta Korėjoje ir Taivane. <…> subkultūros, ypač pirmoji, leidžia didinti viruso išskyrimo procentą mėginiuose su Ct vertėmis, patvirtinant, kad šios didelės Ct vertės dažniausiai siejasi su maža virusine apkrova.

Čia itin svarbu atkreipti dėmesį į minimus procentus, kai kultūroje vis dar pastebimas koronaviruso dauginimasis. Prie 25 ciklų tokių pastebėta 70%, prie Ct = 30 jau tik 20%, o prie Ct = 35 – tik <3% vis dar daugina koronavirusą. Paprasčiau tariant, mokslininkai aiškiai pastebėjo, jog žmonės, tiriami pasitelkiant molekulinį PGR tyrimą iš nosiaryklės, gali gauti teigiamą atsakymą net ir tuomet, kai iš tikrųjų asmuo neužkrečia kitų. Ta tikimybė prie 35 ciklų yra tokia didelė, jog siekia net 97%.

Dar daugiau, Lietuvoje tiriant PGR testus atliekama 40-45 ciklų. Remiantis aukščiau pateiktais duomenimis, galima spėti, jog toks didelis ciklų kiekis veikiausiai dar labiau iškreipia viruso situaciją, nes taip randama daug sergančių koronavirusu, nors iš tiesų jie nieko negali užkrėsti, o patys atsakymai daugeliu atveju galimai yra klaidingai teigiami. Tokia keista molekulinių PGR testų praktika puikiai paaiškintų, kodėl Lietuva, remiantis Europos ligų kontrolės ir prevencijos centro (ECDC) duomenimis, jau patenka į trejetuką tarp šiuo metu labiausiai užsikrėtusių šalių Europoje. Galima tik spėti kiek iš tų nustatytų koronaviruso atvejų galbūt buvo neteisingi, jei jau prie Ct = 35 daugiau nei 90% mėginių gali būti klaidingai teigiami, o Lietuvoje remiamasi dar didesniu ciklų kiekiu – 40-45.

46-47 sav. sergamumo COVID-19 virusu rodikliai Europoje (ECDC duomenys).

Remiantis aukščiau minėtų mokslininkų atliktais bandymais, reikėtų apsvarstyti, kad galbūt Lietuvoje atliekami PGR tyrimai iš nosiaryklės galimai neatitinka tikrosios koronaviruso situacijos šalyje, nes tyrimai buvo atlikti su didžiule paklaida. O daugybė galimai klaidingai teigiamų COVID-19 atvejų ne tik sukelia nepatogumus ir visiškai nereikalingą žmonių izoliavimą nuo bendravimo su kitais asmenimis, bet ir iškreipia statistiką, o pati šalis, kaip ir jos gyventojai, patiria didžiulius ekonominius nuostolius.

Informaciją apie tai, jog Lietuvoje atliekami koronaviruso nustatymo tyrimai remiasi atsakymais, gautais atlikus net 40-45 ciklų, buvo paviešinta, kai pilietiškas Lietuvos gyventojas (red. past. pavardė redakcijai žinoma) susisiekė su Nacionaline visuomenės sveikatos priežiūros laboratorija (NVSPL) ir tiesiogiai paklausė apie PGR testavimo praktiką. Galime tik spėti, kiek žymiai mažiau teigiamų koronaviruso atvejų galbūt būtų randama, jei Lietuvoje būtų atliekama 20, 25 ar bent jau 30 ciklų vietoj NVSPL minimų 40-45.

Nacionalinė visuomenės sveikatos priežiūros laboratorija patvirtino, jog Lietuvoje nusprendžiant, ar žmogus serga koronavirusu, remiamasi 40-45 ciklais, o tai gali smarkiai iškreipti statistiką.

Lisabonos apeliacinis teismas paskelbė, jog PGR testai kai kuriais atvejais nėra tinkami nustatyti virusui

Bulgarų patologijos asociacija paviešino mintis, jog PGR testai yra netinkami ir moksliškai nepatikimi.^[29] Taip pat svarbu paminėti ir Portugalijos apeliacinio teismo išvadas. Jose skelbiama, kad PGR testas „be pagrįstų abejonių negali nustatyti, ar teigiamas rezultatas iš tikrųjų reiškia užkrėtimą naujuoju virusu“.^[30][31] Tokios išvados^[32] buvo prieita remiantis aukščiau mūsų paminėtu tyrimu,^[27] rodančiu, jog tik 3% sveikatos priežiūros institucijų paskelbtų teigiamų PGR testų gali būti tikrai teigiami.

Vasarą keturi vokiečių turistai pateikė „Habeas corpus“ aktą, dėl to, jog buvo neteisėtai izoliuoti viešbutyje Azorų salose. 34 puslapių nutarime dėl apeliacijos pagal šį aktą rašoma, kad teigiamas RT-PGR testas negali būti vertinamas kaip nenuginčijamas užsikrėtimo koronavirusu faktas.

Ekspertų grupė ištyrė RT-PGR (RT-PCR) testų patikimumą dėl minėto priverstinio vokiečių poilsiautojų izoliavimo, kai šiai grupei priklausiusiai moteriai PGR testu buvo nustatytas teigiamas koronaviruso rezultatas. Lapkričio 11 d. nutarime rašoma:

Atsižvelgiant į dabartinius mokslinius duomenis, šis testas negali be pagrįstų abejonių nustatyti, kad jo teigiamas rezultatas iš tikrųjų liudija žmogaus užkrėtimą SARS-CoV-2 virusu.

RT-PGR testai „atliekami amplifikuojant mėginius pasikartojančiais ciklais“. Nutarime teigiama:

Tokio amplifikavimo ciklų skaičius lemia didesnį ar mažesnį tokių testų patikimumą. Problema yra ta, kad šis patikimumas, kalbant iš mokslinių įrodymų požiūrio taško <…>, yra daugiau nei ginčytinas.

Juk, kaip jau minėjome aukščiau, buvo pastebėta, kad esant 35 ar daugiau ciklų, tikimybė, jog žmogus iš tikrųjų yra infekuotas aktyviu koronavirusu, yra mažesnė nei 3 proc. Taigi, yra didžiulė tikimybė, jog gavus teigiamą PGR testo rezultatą, toks atsakymas yra klaidingas.

Ir tai dar ne viskas. Portugalijos apeliacinis teismas šiuo nutarimu taip pat nusprendė, kad Sveikatos generalinio direktorato nustatytas karantino laikotarpis pavojaus metu yra neteisėtas. Teismo sprendime teigiama, kad teisėjų grupė priėjo išvados, jog tokia situacija gali būti priimtina tik esant nepaprastajai padėčiai. Taigi, buvo išaiškinta, jog Vokietijos piliečiai buvo neteisėtai priverstinai laikomi viešbučio kambaryje, reikalaujant, kad jie prabūtų saviizoliacijoje numatytas 14 dienų.

Tiesa, Delfi „Melo detektoriaus“ žurnalistai jau spėjo tokią naujieną apibūdinti kaip klaidinančią.^[33] Tokių išvadų jie priėjo teigdami, kad Portugalijos teismo sprendimas buvo priimtas, tačiau tam nebuvo aiškaus mokslinio pagrindo. Visgi tiek Portugalijos teismo paminėto tyrimo autoriai, tiek kiti mūsų jau minėti mokslininkai aiškiai įrodo, jog PGR testai gali būti kur kas mažiau patikimi, nei mėgsta kartoti didžioji žiniasklaida.

PSO pripažino, jog PGR testai gali būti klaidingai teigiami

Gruodžio 14 dieną Pasaulio sveikatos organizacija (PSO) viešai pripažino, jog PGR testai nėra tokie patikimi, kaip kai kuriems atrodo, nes gali būti klaidingai teigiami. Štai ką rašo PSO (paryškinome svarbiausias dalis:^[34]

RT-PGR reagentų vartotojai turėtų atidžiai perskaityti naudojimosi instrukcijas, jog nustatytų, ar būtina rankiniu būdu koreguoti PGR pozityvumo slenkstį, kad būtų atsižvelgta į bet kokį foninį triukšmą, dėl kurio mėginys, kurio aukšto ciklo slenksčio (Ct) vertės rezultatas gali būti interpretuojamas kaip teigiamas rezultatas. RT-PGR projektavimo principas reiškia, kad pacientams, turintiems didelį cirkuliuojančio viruso lygį (viruso krūvį), virusui aptikti reikės palyginti nedaug ciklų, todėl Ct vertė bus maža. Ir atvirkščiai, kai mėginiai kartojami su didele Ct verte, tai reiškia, kad virusui aptikti reikėjo daugybės ciklų. Tam tikromis aplinkybėmis sunku nustatyti foninio triukšmo ir faktinio ieškomo viruso buvimą.

Paprasčiau tariant, PSO pripažino tai, apie ką jau ne sykį kalbėjo įvairūs specialistai – jog kuo daugiau ciklų (Ct) atliekama, tuo labiau didėja tikimybė gauti klaidingai teigiamą atsakymą. Taigi, pilnai pasitikėti PGR testais vargu ar galima, o ypač – jei ciklų kiekis viršija 30.

Dėl pasklidusios pandemijos baimės bandyta priverstinai tirti žmones PGR testais

Panika, kurią kelia galimai netikslūs PGR testai ir iki galo neišaiškintas virusas, verčia įvairias kompanijas, o kartais net ir šalis elgtis itin drastiškai. Štai Danijos valdantieji paskelbę nepaprastąją padėtį šalyje bandė keisti įstatymus,^[35][36] kad įgautų itin plačius įgaliojimus kovai su COVID-19. Danijos žmonėms, atsisakiusiems išsitirti dėl COVID-19 viruso, turėjo grėsti piniginės baudos ir laisvės atėmimo bausmė, jiems būtų uždrausta naudotis viešuoju transportu, lankytis parduotuvėse, viešosiose įstaigose ir net ligoninėse. Įteisinus pataisas būtų galima priverstinai testuoti, gydyti ar karantinuoti žmones, tam pasitelkiant policijos pajėgas. Kopenhagos universiteto teisės profesorius Jens Elo Rytter apie Danijos valdžios elgesį sakė, jog tai – karštutiniškiausios priemonės nuo pat Antrojo pasaulinio karo laikų.^[37] Jie netgi užsimanė teisiškai įtvirtinti priverstinį skiepijimą nuo koronaviruso.^[38][39]

Visgi po masinių visuomenės protestų buvo atsisakyta tokio griežto įstatymo.^[40] Danijos valdžia atsisakė savo ketinimų tik po to, kai masiniai protestai nesibaigė ištisas 9 dienas. Tačiau nepaisant to, kad Danijos žmonės laimėjo įstatyminę kovą prieš priverstinį testavimą, skiepus ir kitas griežtas priemones, net ir be įstatymų įmanoma priversti žmones testuotis ar skiepytis. Visame pasaulyje vis užsimenama apie tai, jog nepasiskiepijusiems turėtų būti sunkiau keliauti, jų gali nepriimti į tam tikras darbo vietas, sporto renginius, koncertus ir panašiai,^[41] o grįžus iš kelionių jau dabar prašoma testuotis. Tokių nepatogumų sulaukę žmonės gali nebematyti kitos išeities, kaip tik sutikti vakcinuotis nuo koronaviruso, nors ir jaučia pagrįstą nerimą dėl galimų šalutinių reakcijų.

Tačiau ar tokia prievarta iš tiesų pateisinama ir nepažeidžia žmonių teisių? Ir koks yra tikrasis koronaviruso mastas, jei žinoma, jog PGR testai gali būti klaidingai teigiami? Regis, jog siekis kuo skubiau ištirti žmones prasilenkia su moksliniais, etiniais ir moraliniais klausimais. Pirmiausia turėtų būti kalbama ne apie masinio vakcinavimo reikalingumą ir masinį žmonių testavimą, o apie PGR testų patikimumą ir tikrąjį viruso plitimo mastą. Nors PGR testai gali būti naudingi aptinkant virusą mėginyje, tačiau reikalingi papildomi tyrimai, jog būtų iki galo suprasta ar žmogaus kūne esantis virusas iš tikrųjų yra aktyvus ir gali nevaldomai plisti toliau. Kaip jau minėjome, net ir patys PGR testų gamintojai teigia, kad vien testų atsakymais negalima pasitikėti nustatant ligą, todėl dabartinė masinio testavimo praktika galimai prasilenkia su tikrąja šių testų paskirtimi.

1. ^ It’s Evolving: Coronavirus Genetic Mutation May Have Made COVID-19 More Contagious. SciTechDaily.
2. ^ Mary Van Beusekom. COVID-19 likely spreading from people to animals—and vice versa. Center for Infectious Disease Research and Policy.
3. ^ Coronavirus found on imported squid packaging in China. Reuters.
4. ^ Irena Babkauskienė. Po savaitės virusas nebaisus. Respublika.
5. ^ Kary Mullis. Wikipedia.
6. ^ Kary B. Mullis: Facts. The Nobel Prize.
7. ^ Fact check: Inventor of method used to test for COVID-19 didn’t say it can’t be used in virus detection. Reuters.
8. ^ John Lauritsen. Has Provincetown Become Protease Town?. New York Native.
9. ^ A Closer Look at COVID-19 Diagnostic Testing. U. S. Food and Drug Administration.
10. ^ PCR positives: what do they mean?. The Centre for Evidence-Based Medicine.
11. ^ SARS-CoV-2 Coronavirus Multiplex RT-qPCR Kit (CD019RT). Creative Diagnostics.
12. ^ Gina Colata. Faith in Quick Test Leads to Epidemic That Wasn’t. The New York Times.
13. ^ COVID-Tests. Vimeo.
14. ^ Gold standard (test). Wikipedia.
15. ^ Jessica Watson. Interpreting a covid-19 test result. The BMJ.
16. ^ Fermin Koop. A startling number of coronavirus patients get reinfected. ZME Science.
17. ^ Barnaby Edward Young, Sean Wei Xiang Ong, et. al. Epidemiologic Features and Clinical Course of Patients Infected With SARS-CoV-2 in Singapore. JAMA.
18. ^ Yafang Li, Lin Yao, Jiawei Li, Lei Chen, Yiyan Song, Zhifang Cai, Chunhua Yang. Stability issues of RT‐PCR testing of SARS‐CoV‐2 for hospitalized patients clinically diagnosed with COVID‐19. Journal of Medical Virology.
19. ^ Sin Hang Lee. Extremely sensitive, no false-positive tests needed for SARS-CoV-2. Milford Molecular Diagnostics Laboratory.
20. ^ CDC 2019-Novel Coronavirus (2019-nCoV) Real-Time RT-PCR Diagnostic Panel. Center for Disease Control and Prevention.
21. ^ Emergency Use Authorization (EUA) Summary COVID-19 RT-PCR Test (Laboratory Corporation of America). LabCorp COVID-19 RT-PCR test EUA Summary.
22. ^ Qualitative assay for use on the cobas® 6800/8800 Systems. Cobas.
23. ^ Stephen A. Bustin, Vladimir Benes, et. al. The MIQE Guidelines: Minimum Information for Publication of Quantitative Real-Time PCR Experiments. Clinical Chemistry.
24. ^ Stephen Bustin. Wikipedia.
25. ^ Michael A. Innis, David H. Gelfand, John J. Sninsky, Thomas J. White. PCR Protocols: A Guide to Methods and Applications. Academic Press.
26. ^ The Infectious Myth – Stephen Bustin on Challenges with RT-PCR. The Infectious Myth.
27. ^ Rita Jaafar, Sarah Aherfi, Nathalie Wurtz, et. al. Correlation Between 3790 Quantitative Polymerase Chain Reaction–Positives Samples and Positive Cell Cultures, Including 1941 Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 Isolates. Clinical Infectious Diseases.
28. ^ WHO Director-General’s opening remarks at the media briefing on COVID-19 – 11 March 2020. World Health Organization.
29. ^ COVID19 PCR Tests are Scientifically Meaningless. Bulgarian Pathology Association.
30. ^ Court decides that quarantine in state of alert is illegal. The Portugal News.
31. ^ Natasha Donn. Judges in Portugal highlight “more than debatable” reliability of Covid tests. Portugal Resident.
32. ^ Acordam em conferência na 3a secção Criminal do Tribunal da Relação de Lisboa. Tribunal da Relação de Lisboa.
33. ^ Nutyli esmines detales apie svarbų Portugalijos teismo sprendimą: byla sulaukė ekspertų kritikos. Delfi.
34. ^ Nucleic acid testing (NAT) technologies that use real-time polymerase chain reaction (RT-PCR) for detection of SARS-CoV-2. World Health Organization.
35. ^ Lov om ændring af lov om foranstaltninger mod smitsomme og andre overførbare sygdomme. Folketinget.
36. ^ Lov om epidemier m.v. (epidemiloven). Sunheds-aeldreministeriet.
37. ^ Hastelovens beføjelser er uden fortilfælde i Danmark. Jyllands Posten.
38. ^ Kate Andrews. Denmark is creating a roadmap for mandatory vaccination. The Spectator.
39. ^ Denmark rushes through emergency coronavirus law. The Local.
40. ^ Robin Monotti Graziadei. DENMARK: 9 days of protests over a new law that “would be able to define groups of people who must be vaccinated. Twitter.
41. ^ Jillian Kramer. COVID-19 vaccines could become mandatory. Here’s how it might work. National Geographic.

 

Straipsnis: (2021-01-05) | firmusmedicus.lt

COVID-19 nustatymas PGR tyrimo metodu – testų tikslumas ir patikimumas